Биле су то релативно јаке снаге, међутим није било јединствене команде која би обједињавала сва дејства партизанских јединица на мору. Зато је Врховни штаб 18. октобра 1943. године наредио формирање Штаба Морнарице НОВЈ и ПОЈ. За команданта је 29. октобра постављен Јосип Черни.

При формирању Штаба Морнарице НОВЈ, јадранско поморско војиште је подељено на пет поморско-обалних сектора: приморско-истарски, северно-далматински, средњедалматински, јужно далматински и бококоторски. Ударна снага Морнарице биле су флотиле наоружаних бродова. Остала пловна средства стављена су под команду сектора.

Морнарица НОВ И ПОЈ је, захваљујући вештини посада, брзо дорасла свом ратном задатку.

"Два месеца након формирања", стоји у запису адмирала Јосипа Черног из 1972. године, "Морнарица НОВЈ је дејствовала од Крка и Цриквенице до Колочепског канала. Имала је флотилу наоружаних бродова и шест флотила наоружаних чамаца - укупно 39 борбених јединица: четири оточка партизанска одреда; десет обалских батерија, са 24 топа од 78 до 105 мм; девет мањих пароброда; 220 моторних једрењака, бродица и чамаца; јединице везе, осматрања, интендантске јединице, санитетске и техничке јединице и Базу НОВЈ у Монополију - Италија. У свом саставу наша је Морнарица тих славних дана имала више од 5.000 људи, а наредних месеци је израсла у снажан вид оружаних снага, суверено ослобађајући Јадран до коначне победе".

У завршним операцијама за ослобођење наше земље Морнарица НОВЈ је имала све битне особине регуларне ратне морнарице.

ДЕЈСТВА У ЗАВРШНИМ ОПЕРАЦИЈАМА

Борба за обалу вођена је у неколико узастопних операција. Морнарица је у њима увек имала значајно место. После капитулације фашистичке Италије, ангажована је у евакуацији заплењеног материјала испред немачког удара ка обали. Даноноћно је превозила јединице, рањенике и збегове. У фази ослобађања наше обале извршен је маневар снага НОВЈ морем, што је било од изванредне важности за спречавање брзог овладавања обалом од стране Немаца. У току немачког десанта на Корчулу, Морнарица је довозила појачање, спасавала људство и превозила јединице 26. дивизије на Вис.

Вис је постао значајна база за дејства ка обали. До острва, и са њега у Италију, пребачено је више хиљада избеглица и рањеника. Из морнаричке базе у Италији на Вис пребачене су тоне материјала за потребе Морнарице и јединица на приобалном појасу.

У мају 1944. године на Вису је оспособљен и аеродром. Формирани су и први течајеви за стручно усавршавање морнаричког кадра.

Седмог јуна 1944. године ту је стигао и Врховни штаб. Острво је постало седиште нове Југославије. Одавде је руковођено народноослободилачком борбом, борећи се истовремено и за њено међународно признање.

Морнаричке снаге извршавале су главне задатке извиђањем и патролисањем. Циљ тих задатака био је откривање евентуалног немачког десанта и благовремено узбуњивање снага одбране, како би се спречило свако изненађење. Наоружани бродови су одржавали везу с поморским секторима и појачавали патролне линије. Поморски саобраћај био је организован. Од 15. октобра 1943. године до краја 1944. године превезено је више од 25.000 тона ратног материјала за НОВЈ.

Са острва Виса нападало се од марта до септембра 1944. У почетку су то били препади, а касније десанти. По свом значају истичу се десанти на острва Мљет, Корчулу, Шолту и Брач.